Η Διεύθυνση Διοικητικής Υποστήριξης είναι υπεύθυνη για το διοικητικό και οικονομικό έργο του Οργανισμού και αποτελείται από τα εξής τμήματα:
- το Τμήμα Ανθρώπινου Δυναμικού: ο Οργανισμός στελεχώνεται από δύο κατηγορίες υπαλλήλων: α) τους διοικητικούς υπαλλήλους και γ) τους αποσπασμένους εκπαιδευτικούς της Α/θμιας και Β/θμιας Εκπαίδευσης.
- το Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης, Προϋπολογισμού, Προμηθειών και Δαπανών, το οποίο είναι υπεύθυνο για όλες τις οικονομικές δραστηριότητες του οργανισμού και διενεργεί τις διαδικασίες πρωτοκόλλησης και διεκπεραίωσης εισερχομένων και εξερχομένων εγγράφων.